Если чек подлинный, нужно проверить его содержимое.
ИНН компании, которой самозанятый оказывает услуги, отображается в чеке в графе «Покупатель». Проверьте, чтобы он был корректным. Иначе придется доказывать налоговой, что самозанятый на самом деле оказывал услуги вам, а не другой компании.
Если в чеке сумма выплаты будет меньше, чем в вашей декларации о расходах, у налоговой появятся вопросы и она доначислит налог на разницу. Если самозанятый выбил чек и ошибся с суммой или ИНН, просто попросите его аннулировать чек и выбить новый, корректный.