Когда налоговая видит несоответствия в чеке, она должна проверить компанию. Проверка может найти проблемы, которые не связаны с чеками самозанятых, и налоговая оштрафует компанию за них.

Если у компании нет подписки на платформу, аккредитованную налоговой,
то самозанятые выбивают чеки самостоятельно. Большинство ошибается в графе «Наименование услуги»: вписывают данные акта или договора, должность или текст, который никак не связан с задачей. Проверьте, чтобы в этой графе был указан вид услуги или ее конкретный результат.

Советуем проверять чек дважды. 
Сразу после получения. Исполнителя можно тут же попросить аннулировать некорректный чек и сформировать новый.
Перед закрытием отчетного периода и передачей отчетности в налоговую.

Когда самозанятых становится столько, что бухгалтерия не успевает их оформлять, бизнес обычно подключается к платформе автоматизации. Например, в Консоли можно загрузить данные исполнителей в экселевскую таблицу, а чеки сформируются автоматически.